卫生部门逐渐认识到传染病实验室诊断体系建设的重要性，并积极研究推进这方面的策略和政策。
2003年SARS疫情后，亟需加强新发、突发传染病的监控体系和应对能力建设。其中，完善实验室诊断和检测体系至关重要。
首先，实验室病原学诊断是临床医护人员进行感染性(传染性)疾病临床管理的重要依据；其次，这也是传染病特别是新发传染病暴发监测和预警的关键手段；此外，实验室检测还在许多传染病消灭、控制规划或项目实施中发挥关键作用。
然而，中国感染性(传染性)疾病的实验室诊断率比西方发达国家低得多。一方面是由于，临床医生对实验室诊断、检测的依赖度低；另一方面是由于，中国感染性(传染性)疾病的临床实验室诊断服务支持体系相当薄弱。这两方面也互为因果，相互影响。
中国现有临床实验室诊断服务，主要以医院为基础。与慢病相比，感染性疾病多为少见疾病，且疾病病种繁多。即使在大医院，一年接诊的感染病患者数量都有限。如今，每家医院独立建立病原学诊断实验室，造成实验室诊断服务整体水平和效率均十分低下。
此外，现有的公共卫生机构的实验室，基本没有承担起为临床机构开展感染性疾病，特别是那些罕见的、疑难的、原因不明的感染性疾病诊断，提供实验室参比服务的功能和责任。中国各级疾控中心无论从实验室设施、设备、人员数量还是经费保障方面，都尚不具备提供这样的参比服务的能力和机制。但这项服务恰恰是疾控中心发现具有潜在公共卫生意义疾病的一个非常有效和重要的途径。
现在，卫生部门已逐渐认识到实验室诊断、检测体系建设的重要性，并积极研究推进策略和政策。
应重点从以下几方面突破和推进：一，通过政策引导和财政支持，在城市间建立独立于各医院的商业化或非商业化临床实验室，同时建立和完善配套的临床标本的快捷安全运送服务体系。二，通过立法要求医疗机构和独立临床实验室，依法报告重要的实验室病原诊断结果，并向公共卫生实验室提交重要临床标本和获得的菌(毒)株，以实现传染病监测目的。三，国家要明确公共卫生实验室，特别是地市级以上疾控中心的实验室为临床机构和临床实验室提供病原学实验室参比服务的职能，并建立相应的支持性政策和提供经费、条件保障。
中国的传染病直报系统只涵盖了39种法定报告传染病。应鼓励医生一旦发现具有潜在公共卫生意义的异常临床现象或疾病的聚集性病例，立即向疾控机构报告，采集并提交标本，进行实验室检测。因为很多新的公共健康问题或传染病的发现，都有赖或得益于那些有高度警惕性和公共卫生意识的医生首先发现，如四川人感染猪链球菌病暴发事件、三鹿奶粉事件、安徽阜阳手足口疾病等。
疾控部门也需要将实验室诊断结果及时向医疗机构反馈；在开展疾病调查时，尽量减少对临床工作不必要的干扰；另外还应加强宣传和教育，建立通畅的信息交流平台，帮助临床医生便捷地获取相关信息。